Серверні системи на базі GNU/Linux традиційно вважаються більш захищеними від шкідливого ПЗ у порівнянні з іншими ОС. Проте це не означає повної відсутності загроз. Антивірусне забезпечення на серверній інфраструктурі GNU/Linux є важливим елементом багаторівневої безпеки, особливо у середовищах, де сервери взаємодіють з клієнтськими системами або зберігають критичні дані.